在清淤环节要积极采用环保清淤方式,在环保、成本方面进行综合考虑,把多种清淤方式相结合。水力冲淤使得淤泥中的污染物扩散,所以要尽量的避免或者当河淤泥污染较轻的时候采用。机械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但没有把淤泥中污染负荷的浮泥去除,反倒在清淤中搅动原本已沉积下来的污染物,使得污染扩散，所以要根据实际在淤泥污染负荷较低的河道采用。 人工冲淤也应要充分的考虑河道结构的现状及排泥条件。要大力推广生态清淤，河道清淤公司在底泥污染负荷很大的时候，先进行生态清淤降低污染负荷使至安全范围，然后进行水力的清淤或者机械式的清淤。
直吸式清淤：这是一种新的适合城镇河道的机械清淤方法,河道清淤公司施工设备主要是利用伸到淤泥层内的吸头,使设备产生负压,从河底吸走淤泥。在吸头前要加一个过滤栅从而收集淤泥层中的垃圾,机械传动从河道中分离。这类设备除了把绝大部分的淤泥清除以外,还能把淤泥中的污染.严重的淤泥也除去,并可在配合使用泥降脱水的设备。装置能做成水上吸淤船以及水下清淤机器人形式,可不受河道宽度、水位以及横穿河道的构筑物等因素局限。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。