在清淤环节要积极采用环保清淤方式,在环保、成本方面进行综合考虑,把多种清淤方式相结合。水力冲淤使得淤泥中的污染物扩散,所以要尽量的避免或者当河淤泥污染较轻的时候采用。机械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但没有把淤泥中污染负荷的浮泥去除,反倒在清淤中搅动原本已沉积下来的污染物,使得污染扩散，所以要根据实际在淤泥污染负荷较低的河道采用。 人工冲淤也应要充分的考虑河道结构的现状及排泥条件。要大力推广生态清淤，河道清淤公司在底泥污染负荷很大的时候，先进行生态清淤降低污染负荷使至安全范围，然后进行水力的清淤或者机械式的清淤。
河道淤泥处理工程有效改善了航道通行与河流生态，而产生的淤泥成分复杂，简单通过疏浚填埋方法进行处置，不仅耗费大量运输成本、占用大量土地，且容易造成环境的二次污染。探索有效的淤泥处置利用技术，以达到淤泥处理的减量化、资源化和无害化目的将会是一项重要的任务。 就是将污染较低的废弃淤泥运输至特定抛置区倾卸，经过水体的不停降解和交替作用，而不会对水体环境造成致命性破坏，从而降低淤泥对水体的污染程度。这是长期以来处理海相沉积淤泥常用的方法。将疏浚航道挖出的淤泥强力吹填到围堤中，经过沉积固结处理，形成大面积陆域，供港口建设使用。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。