在清淤环节要积极采用环保清淤方式,在环保、成本方面进行综合考虑,把多种清淤方式相结合。水力冲淤使得淤泥中的污染物扩散,所以要尽量的避免或者当河淤泥污染较轻的时候采用。机械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但没有把淤泥中污染负荷的浮泥去除,反倒在清淤中搅动原本已沉积下来的污染物,使得污染扩散，所以要根据实际在淤泥污染负荷较低的河道采用。 人工冲淤也应要充分的考虑河道结构的现状及排泥条件。要大力推广生态清淤，河道清淤公司在底泥污染负荷很大的时候，先进行生态清淤降低污染负荷使至安全范围，然后进行水力的清淤或者机械式的清淤。
水下清淤时需要开启底孔闸门发生的冲刷，这种冲刷只是在底孔前形成一个范围有限的冲刷漏斗。漏斗发展完毕后，冲刷也就终止漏斗发展的大小又与淤积物固结程度有关。末充分固结的新淤积物，易于冲刷，冲刷漏斗就较大。 工程机械作业，挖除淤积泥沙，保持有效库容或进水口不被阻塞，整机为干式下泵型，电机采用油室密封方式，水库大坝水下清淤内设有机械密封，能有效防止高压水和杂质进入电机内腔，除主叶轮外，还有搅拌叶轮，能将沉淀于水底的淤渣搅拌成湍流后抽取出来。叶轮和搅拌叶轮等过流部件采用高硬度的高鉻铸钢制造，耐磨、耐腐蚀、排污能力比较强，能通过较大的固体颗粒。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。