塘底淤泥和鱼类的排泄物经硝化作用产生氨，氨在硝化过程中生成中间产物—亚硝酸盐；淤泥中的硫酸盐还原菌还原硫酸盐，以及由异氧菌分解硫化物产生硫化氢。氨、亚硝酸盐、硫化氢是鱼类生存、生长过程中的剧毒物质。能使鱼类处于不安定状态，食欲下降，饵料系数增加，抵抗力减弱；浓度大时，会使鱼中毒死亡。
水下清淤是应该注意海流有一定的流向和流速，有的海域还多层流，在这种情况下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速随时间的变化而变化。在江、河中，同样也存在着水的流动。 水下清淤须派有经验的潜水员下潜，同时水面应安排有经验的潜水员担任应急救护潜水员。 水下清淤潜水员下潜和上升时必须紧握入水绳，必要时应使用钩。在水底时不得离开行动绳。尽量采用水面减压法，减压方案应选用延长方案。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。