在清淤环节要积极采用环保清淤方式,在环保、成本方面进行综合考虑,把多种清淤方式相结合。水力冲淤使得淤泥中的污染物扩散,所以要尽量的避免或者当河淤泥污染较轻的时候采用。机械清淤中的挖泥船挖泥清淤不但没有把淤泥中污染负荷的浮泥去除,反倒在清淤中搅动原本已沉积下来的污染物,使得污染扩散，所以要根据实际在淤泥污染负荷较低的河道采用。 人工冲淤也应要充分的考虑河道结构的现状及排泥条件。要大力推广生态清淤，河道清淤公司在底泥污染负荷很大的时候，先进行生态清淤降低污染负荷使至安全范围，然后进行水力的清淤或者机械式的清淤。
清淤船工作中的注意事项： 1、要经常检查链条螺丝、销子及传动系统各固定点紧固件一定牢固。 2、清淤船停机时应将前柴油机停机，再停后柴油机。 3、遇有大风（5级以上）应暂时停机，以免发生故障，检修或更换零部件时应停机工作，以免发生人身伤亡事故。 4、维护与保养：使用期间应经常检查各部位的螺丝并经常加注润滑油及保养，特别是料斗螺丝及链条销子、水上四角轮与500减速机对接盘等各部螺栓一定紧固完好。水下四角轮等，用的地方要经常加注黄油、润滑油，汛期或停止工作时，应将船拴在牢固的地方，预防将船冲走或造成不应有的损失。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。