有机肥施用不当的主要危害。 影响植物的生长和发育。 土壤中缺少有机肥或有机肥施用量不足，蔬菜植株生长缓慢、身材矮小、生长弱或不生长，形成老弱苗，开花少、结果少、花果多、产量低、品质差、后期过早衰退等。缺乏有机质的菜地，幼苗发根少，根弱而短，根尖发黄但不会腐烂。 有机肥施多了，严重的菜苗会因烧根而枯萎死亡，轻者长势过旺，根多，茎粗，叶大，株间遮荫过多，花多果少，果实成熟延迟，病虫害加重，植株倒伏。
冬季低温季节种植大棚蔬菜时，部分种植户会施用半腐熟猪牛粪等有机肥。记住蔬菜的根系不要直接接触这种有机肥，肥料要和根系保持一定距离，防止肥料伤害和根系灼伤。乐山蔬菜有机肥与化肥配施可大大提高肥效、肥效持久性，提高蔬菜产量和品质。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。