土壤环境恶化。 乐山有机肥施用过量或不完全，会超过土壤中微生物分解土壤中有机质和有害有毒物质的能力，污染土壤和周围环境。同时，有机肥分解会产生大量有机酸、硫化物、二氧化碳、铵盐等有害有毒物质，杀死土壤中的大量有益微生物，烧毁植物根系。
应用量要合适。 西藏有机肥的施用量不是越多越好，要根据情况适当施用。有机质不足或缺乏的菜地、高产品种、果实采收的蔬菜和低温季节可适当施用有机肥。有机质含量高的菜地、产量低的品种、生长期短的蔬菜、气温高的季节、叶菜类蔬菜，有机肥的施用量可略减。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。