长期一次性使用化肥后，养分很容易固定在土壤中，不仅浪费资源，而且破坏土壤，降低作物产量和品质，缺点是养分含量低，肥料供应缓慢，增产效果不如化肥显著，细菌肥料：其优点是可以激活土壤中的固体营养元素，**根系生长和吸收，减少相应营养元素的施肥量，提到有机肥，人们首先想到的是畜禽，臭气熏天，事实上，有机肥如今已走入商品时代，老百姓在选用有机肥时仍面临一些困惑，到底什么才是真正的有机肥？
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有机肥广义定义，俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等，有机肥专指以各种动物废弃物(包括动物;动物加工废弃物)和植物残体(饼肥类;作物秸秆;落叶;枯枝;草炭等)，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺(包括但不限于堆制;高温;厌氧等)，消除其中的有害物质(病原菌、病虫卵害、杂草种籽等)达到无害化标准而形成的，符合相关标准(NY525-2012)及法规的一类肥料。