长期一次性使用化肥后，养分很容易固定在土壤中，不仅浪费资源，而且破坏土壤，降低作物产量和品质，缺点是养分含量低，肥料供应缓慢，增产效果不如化肥显著，细菌肥料：其优点是可以激活土壤中的固体营养元素，**根系生长和吸收，减少相应营养元素的施肥量，提到有机肥，人们首先想到的是畜禽，臭气熏天，事实上，有机肥如今已走入商品时代，老百姓在选用有机肥时仍面临一些困惑，到底什么才是真正的有机肥？
用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃，提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染，同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。