生物有机肥料本身矿质营养元素含量较低，纯粹的生物有机肥氮、磷、钾总量通常不超过10%,有些农民朋友不了解这一点往往只施这一种肥料，结果使生长季中后期发生脱肥现象。微生物的生长繁殖需要消耗有机物质已提供所需的能量和营养，所以在施用生物有机肥料的同时，应增加有机肥、农家肥的施用量，最好把生物有机肥料与有机肥混合后做基肥施用。生物有机肥料在存放过程中，菌体处于休眠状态，当施入土壤后，如温度、湿度、营养等环境条件适宜，微生物便开始大量生长繁殖。但如果与化肥、石灰、杀菌剂一起施用会杀死解除休眠状态的菌体，达不到原本施肥的目的。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有机肥广义定义，俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等，有机肥专指以各种动物废弃物(包括动物;动物加工废弃物)和植物残体(饼肥类;作物秸秆;落叶;枯枝;草炭等)，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺(包括但不限于堆制;高温;厌氧等)，消除其中的有害物质(病原菌、病虫卵害、杂草种籽等)达到无害化标准而形成的，符合相关标准(NY525-2012)及法规的一类肥料。