长期持久使用有机肥可以改善土壤的质量，从根本上改善提高了土壤的质量，就不怕种不出优质的果实，提供农作物所需全面营养，保护农作物根茎，有机肥料含有植物所需要的大量营养成分、微量元素、糖类和脂肪，有机肥分解释放的CO2可作为物光合作用的材料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。
用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃，提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染，同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。