生物有机肥也区别于生物菌肥，生物有机肥中主要利用有机养分、有机质，菌肥主要利用含有的菌种、菌株，施生物有机肥的作物主要表现为主茎生长健硕，叶绿量增加，光合效率提高，肥效强，庄稼不易拉秧，采摘期长，高产生物有机肥原理：提高结实率和籽实程度，增加中后期收获量，使作物增产百分之10以上，有机无机复混肥料由有机和无机肥料混合或化合制成，既含有一定比例的有机质，又含有较高的养分，这与我国当前科学施肥所提倡的“有机和无机相结合”的原则是相符的。
有机肥料含有丰富的有机物质和作物生长所需的营养元素，是zui全面的肥料，人们的生活水平提高了，对待食品的安全绿色更加重视，生态农业的发展是必不可少的，有机肥再生态农业的发展中是必备的一种肥料，将来很有可能取代其他的肥料，有机肥在农业生产中的广泛施用，使其逐步向无公害农业转变，也预示着更多的有机食品、蔬菜和水果出现在我们的餐桌上，随着种植水平的不断提高，以及对土壤改良的不断深入，有机肥也越来越得到老百姓的认可。
就目前有机农业生产来说，首先对于城市垃圾和城市污泥，包括含有一些重金属类的工业化的未经高温或者无害化处理的作为原料的有机肥，我们应该排除在外，有机肥生产工艺主要有完全发酵和半发酵两种，主要看是否经过了高温灭菌过程，然后才能判断是否经过了无害化处理，粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要比水轻。