生物有机肥也区别于生物菌肥，生物有机肥中主要利用有机养分、有机质，菌肥主要利用含有的菌种、菌株，施生物有机肥的作物主要表现为主茎生长健硕，叶绿量增加，光合效率提高，肥效强，庄稼不易拉秧，采摘期长，高产生物有机肥原理：提高结实率和籽实程度，增加中后期收获量，使作物增产百分之10以上，有机无机复混肥料由有机和无机肥料混合或化合制成，既含有一定比例的有机质，又含有较高的养分，这与我国当前科学施肥所提倡的“有机和无机相结合”的原则是相符的。
随着微生物技术的发展和突破，生物有机肥料的发展前景是相当可观的，其次，有机肥设备生产过程中水分的掌握是关键性因素!过于干燥使得有机肥在实际生产中很难发挥作用，延长作用时间，而过湿就不利于保存和使用，同时水分指标，干燥程度影响菌种存活期，设备中的成型干燥系统就是这种因素较好的控制者，有机肥设备的使用是为了帮助大家更高效的生产有机肥，如果生产出来的有机肥不合格，不仅浪费了时间精力，还浪费了资源，因此在用有机肥设备生产有机肥料的过程中务必要多加注意。
就目前有机农业生产来说，首先对于城市垃圾和城市污泥，包括含有一些重金属类的工业化的未经高温或者无害化处理的作为原料的有机肥，我们应该排除在外，有机肥生产工艺主要有完全发酵和半发酵两种，主要看是否经过了高温灭菌过程，然后才能判断是否经过了无害化处理，粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要比水轻。