生物有机肥也区别于生物菌肥，生物有机肥中主要利用有机养分、有机质，菌肥主要利用含有的菌种、菌株，施生物有机肥的作物主要表现为主茎生长健硕，叶绿量增加，光合效率提高，肥效强，庄稼不易拉秧，采摘期长，高产生物有机肥原理：提高结实率和籽实程度，增加中后期收获量，使作物增产百分之10以上，有机无机复混肥料由有机和无机肥料混合或化合制成，既含有一定比例的有机质，又含有较高的养分，这与我国当前科学施肥所提倡的“有机和无机相结合”的原则是相符的。
提到有机肥，人们首先想到的是畜禽，臭气熏天，事实上，有机肥如今已走入商品时代，老百姓在选用有机肥时仍面临一些困惑，到底什么才是真正的有机肥？有机肥原料比较广泛，有1000多种，我们要了解一种有机肥是否适用一块土地，首先要了解它的原料是否适用这块土地，如果是保护地栽培，建议使用粉状的，如果是大田栽培，建议施用挤压造粒，一般情况下，挤压造粒的有机质含量高于圆盘造粒和喷浆造粒，而粉状有机肥有机质含量能达到更高。
就目前有机农业生产来说，首先对于城市垃圾和城市污泥，包括含有一些重金属类的工业化的未经高温或者无害化处理的作为原料的有机肥，我们应该排除在外，有机肥生产工艺主要有完全发酵和半发酵两种，主要看是否经过了高温灭菌过程，然后才能判断是否经过了无害化处理，粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要比水轻。