有机肥也是作为底肥被广泛应用，大量长期连续使用氮肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大，土壤结构破坏，土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥可以减缓上述过程，菜地施用了没腐熟的有机肥，腐熟中的有机肥会产生大量的有机酸、氨气、硫化物和二氧化碳等，达到一定量时会致蔬菜枝、叶、花、果等中毒，引起落叶、落花、落果和枝茎萎凋等，严重的根系会因烧根而腐烂，引起植株凋萎或枯死。
栽培番茄、辣椒和茄子等时，施用没腐熟的有机肥，青枯病、根腐病、猝倒病等的发病率将比施用腐熟有机肥的增加30～40%，蛴螬、蝼蛄等喜生活在没腐熟的有机肥中，蔬菜地施用没腐熟的有机肥，这些土壤害虫将多发和重发，蔬菜地中有机质含量的多少很难用肉眼准确判断，有条件的地方应行科学测土，根据测土所得结果确定有机肥的施用量，有机质不足或缺乏的菜地、高产的品种、收获果实的蔬菜和温度较低的季节等，有机肥可适当多施些。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。