有机肥料含有丰富的有机质和作物所需的多种营养元素是一种完全肥料，对改良土壤、增肥地力和无公害蔬菜的生产具有独特的作用，猪、牛粪等有机肥对蔬菜的产量和品质等有重要影响，有机肥施用适量，蔬菜产量高、品质佳、土壤肥力得以提升和维持；有机肥施用过量或施用不正确会产生肥害，轻的障碍植株生长发育，致产量下降和土壤生态恶化等，严重的植株全部或部分枯死、产量大减或绝收，施用没腐熟的有机肥，会污染土壤和四周环境、死苗和枯株增加、病虫草害加重等。
栽培番茄、辣椒和茄子等时，施用没腐熟的有机肥，青枯病、根腐病、猝倒病等的发病率将比施用腐熟有机肥的增加30～40%，蛴螬、蝼蛄等喜生活在没腐熟的有机肥中，蔬菜地施用没腐熟的有机肥，这些土壤害虫将多发和重发，蔬菜地中有机质含量的多少很难用肉眼准确判断，有条件的地方应行科学测土，根据测土所得结果确定有机肥的施用量，有机质不足或缺乏的菜地、高产的品种、收获果实的蔬菜和温度较低的季节等，有机肥可适当多施些。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。