菜园土壤有机质含量低于4%的，有机肥应作基肥连年适量多施用，土壤有机质含量高于5%的菜地，每年作基肥施用的有机肥可适当减少施用量，施用量要适当，有机肥施用量不是越多越好，而是应据情适量施用，有机质含量较高的菜地、产量较低的品种、生育期较短的蔬菜、温度较高的季节和叶菜类等，有机肥的施用量可稍减少些，冬季等低温季栽培大棚蔬菜时，有部分栽培者会施用半腐熟的猪牛粪等有机肥，记住不可让蔬菜的根系直接接触到这种有机肥，肥与根系应隔土保持一定距离，以防发生肥害并烧伤根系。
有机肥与化肥配合施用，可大大提高二者的肥效、持效性和蔬菜的产量、品质等，用有机肥作追肥，腐熟对水人畜粪尿水和对水沼液zui好，其它有机肥次之，有机肥的简易腐熟方法：猪牛粪等有机肥不要随便堆于室外自然发酵，这样发酵慢而不完全，养分损失大，有机肥要堆积密闭发酵，以保证腐熟速度和质量，生长中的蔬菜有机肥施用过量或施用没腐熟有机肥的，要尽快将部分或大部分肥连同土壤从根部扒开，接着连续浇大水2～3天，有很好的缓解肥害的作用。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。