有机肥也是作为底肥被广泛应用，大量长期连续使用氮肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大，土壤结构破坏，土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥可以减缓上述过程，菜地施用了没腐熟的有机肥，腐熟中的有机肥会产生大量的有机酸、氨气、硫化物和二氧化碳等，达到一定量时会致蔬菜枝、叶、花、果等中毒，引起落叶、落花、落果和枝茎萎凋等，严重的根系会因烧根而腐烂，引起植株凋萎或枯死。
菜园土壤有机质含量低于4%的，有机肥应作基肥连年适量多施用，土壤有机质含量高于5%的菜地，每年作基肥施用的有机肥可适当减少施用量，施用量要适当，有机肥施用量不是越多越好，而是应据情适量施用，有机质含量较高的菜地、产量较低的品种、生育期较短的蔬菜、温度较高的季节和叶菜类等，有机肥的施用量可稍减少些，冬季等低温季栽培大棚蔬菜时，有部分栽培者会施用半腐熟的猪牛粪等有机肥，记住不可让蔬菜的根系直接接触到这种有机肥，肥与根系应隔土保持一定距离，以防发生肥害并烧伤根系。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。