目前，我国辣椒种子的移栽主要有三种方式:一是拔苗移栽。辣椒种子养好后，移栽前1-2天轻浇一些水，拔苗运到地里移栽；二是切块，带土移栽。辣椒种子和热苗培育后，用土将等间距种植的一窝辣椒苗切成方块，用刀铲移栽，既能保护根系，又有利于栽后缓苗；第三，肥液浸根移栽。将拔好的辣椒苗放入配好的复合肥溶液中运输到田间，随取随种。上述三种移栽辣椒种子和幼苗的方法，因灌溉方式不同，可分为坐水移栽和漫灌移栽。
辣椒种子主要种植在中央胎座上，种子密度与胎座延伸长度呈负相关。所以辣椒种子密度高，而牛角椒、线椒密度低。在植物营养不良、光照不足、长期低温、土壤干燥、种植密度高的条件下，胎座上的种子很少。相反，在营养供给好、光照充足、温度适宜、土壤水分协调、种植密度合理、植株生长健壮的条件下，胎座上的种子多，辣椒种子发育质量好，增产潜力大。这些都是良种选育中值得重视的。
根据辣椒的生物学特性，通过科学的土壤管理，营造适宜辣椒作物的土壤结构，挖掘土壤潜力，提高土壤肥力，稳定辣椒生产，具有重要的现实意义。目前，我国大部分辣椒种子种植和生产区存在越来越严重的问题。要充分认识连作障碍的成因，轮作的生物学基础和原理，轮作的刚性，轮作前后作物的选择，轮作制度的安排，轮作制度的设计。