辣椒种子主要种植在中央胎座上，种子密度与胎座延伸长度呈负相关。所以辣椒种子密度高，而牛角椒、线椒密度低。在植物营养不良、光照不足、长期低温、土壤干燥、种植密度高的条件下，胎座上的种子很少。相反，在营养供给好、光照充足、温度适宜、土壤水分协调、种植密度合理、植株生长健壮的条件下，胎座上的种子多，辣椒种子发育质量好，增产潜力大。这些都是良种选育中值得重视的。
辣椒种子生长发育的基础是土壤。在其生长发育过程中，根系生长所需的养分、水分和氧气都来自土壤。土壤的理化性质直接影响土壤肥力和土壤养分及水分的有效性。封育的理化性质不仅与土壤类型有关，还与土壤管理水平密切相关。如果土壤管理不适应辣椒的品种、类型和适宜的栽培环境，就难以维持土壤肥力和高水平的生产力，产量也不稳定，经常出现异常波动。
根据辣椒的生物学特性，通过科学的土壤管理，营造适宜辣椒作物的土壤结构，挖掘土壤潜力，提高土壤肥力，稳定辣椒生产，具有重要的现实意义。目前，我国大部分辣椒种子种植和生产区存在越来越严重的问题。要充分认识连作障碍的成因，轮作的生物学基础和原理，轮作的刚性，轮作前后作物的选择，轮作制度的安排，轮作制度的设计。