洁净手术室的选址一方面关系到与相关科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手术室的设备层会发生设备噪音、进排风噪音、及设备运行轰动等，其选址还要考虑对周围的环境影响，甚至要考虑其相关相邻的科室发生的设备噪音、气体排放等对周围环境的影响。其他如水、电、气、汽管路长短，手术室设备运输及后期修理（更新）等。这些因素都需要在前期选址规划时充分考虑。 洁净手术室一般设在病房楼，门诊手术室设在门诊楼，急诊手术室设在急诊科。洁净手术室选址或在病房楼5层以下，或处在病房楼中间层，或设在病房楼顶层。不同的选址各有利弊。
流程布局： 1、PCR规划为三区实验室，内设专用走廊及缓冲间，进出口为两门规划，避免了穿插污染。2、方舱左边为排风机组、污水处理设备、空调外机机房，右侧为新风机组机房，两区域的设置有利的保证了实验室的正常运行。3、紧邻扩增分析区设有灭菌间，确保污物在本实验区会集处理后再进入统一医疗废弃物处理站。 检测容量： 1、PCR试剂预备间8.85立方，标本制备28.6立方，扩增分析17.6立方。 2、标本制备区可一起放置6台核酸提取仪，扩增分析区可一起放置12台PCR分析仪，日检丈量可达1万管，若1:10混检日检丈量可达10万管。 3、标本制备区可设3人位生物安全柜或2台双人位生物安全柜。
关于净化空调的保护与保养 另外，净化空调体系的日常保护和保养也是十分要害的，这将直接影响到空调的正常运用，也就直接关系到洁净区的净化级别与温度、湿度是否合格。在手术间内空调温度与湿度不能控制在适合范围内时，应及时告诉维保人员，对空调体系进行检查，找出问题及时处理，以保证手术室净化的正常运转。