发酵猪粪是生活中常见的农业废弃物，很多农民朋友都使用猪粪做有机肥。但是经过发酵的猪粪施给作物的话，因为发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵：当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。而且生猪粪中的细菌比较多，很容易造成作物的病虫害。
猪粪发酵成有机肥可以用生物发酵方法，需要的原料有猪粪、发酵剂、玉米面、秸秆等。将需要腐熟的猪粪倒入田间摊开，然后加上适量的花生秸秆。加上秸秆能调节有机肥中的碳氮比，提高透气性。 在发酵时，加入生物菌剂，它的作用是为了促进发酵，能快速腐熟。不同的发酵剂的用量也不同，农户可按照要求的用量使用。生物菌剂和玉米面混合均匀，玉米面的作用是提供微生物活动的载体，有利于微生物的繁殖，加快发酵速度。
猪粪和秸秆混合之后，将混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后浇水，猪粪较干时，可以增加水的用量，猪粪含水量大时，就可以少用水，最后堆闷沤制成有机肥，堆沤的面积和长度不受限制。经过发酵两三天之后，再进行翻一遍。 猪粪发酵时，加上有机肥发酵剂，能节省发酵时间，大概7~10天的时间就能发酵好，适合大量的猪粪处理，发酵速度快，而且还能防止猪粪腐熟不彻底。