牛粪必须经过发酵分解后才能用于农作物，否则牛粪中的某些病原微生物会灼伤农作物的根部。晾晒都可以，但晒干后，牛粪的部分营养会流失。牛粪经烘干机烘干，可达到烘干、除臭的目的。它还可以减轻手工劳动强度等。
牛粪可分为干牛粪和新鲜牛粪。 1、干牛粪：由于干牛粪中水分不足，不能发酵。加入足够的水后，一定要堆成一大堆，然后发酵。盖上密封塑料布，这样发酵会快一些。 2、新鲜牛粪：如果是新鲜牛粪，发酵时需要加入各种辅料，吸收新鲜牛粪中的水分。水太多容易造成不透气，微生物无法产生发酵作用。有多种选择，目的是吸收新鲜牛粪中的部分水分。辅料一般选用：木屑、稻草、草灰炭等。牛粪也可适当晒干，去除多余的水分。然后堆起来。进行堆积发酵。当堆温达到60℃以上时，保持24小时，然后上下翻堆，翻堆，继续发酵。如此进行3次，即可达到发酵的目的。
牛粪自然发酵可采用以下方法: 1.晾干水分后，让其自然堆积，堆积温度达到60以上时保持24小时，然后上下翻转，里里外外，继续发酵。这个过程进行三次，达到发酵的目的。但是，这样难闻的气味不仅污染环境，还会造成营养物质的大量流失。 2.用微生物发酵法处理牛粪，不仅可以加快发酵进程，缩短发酵时间，防止浪费，提高牛粪的营养价值；而且牛粪可以在发酵温度下干燥，节省能耗，成本低，操作简单，易于推广，因此受到用户的欢迎。