牛粪是一种非常好的有机肥，有不少农户用其做肥料，效果相当不错。它在施用时应注意以下几点：(1)所用的牛粪必须经过腐熟，待其充分发酵分解后再使用，否则它在发酵时释放的热量有可能伤害植株，同时有可能将病菌引入土内。(2)提倡做基肥，进行沟施。牛粪的肥效释放通常比较慢，同时它的盐份含量一般比较高，所以宜做基肥施用，宜沟施并在施后覆土而不提倡撒施。如果用做面上撒施，则用量要控制，浓度一 定不能过高，以免出现肥害伤害植株。
牛粪必须经过发酵分解后才能用于农作物，否则牛粪中的某些病原微生物会灼伤农作物的根部。晾晒都可以，但晒干后，牛粪的部分营养会流失。牛粪经烘干机烘干，可达到烘干、除臭的目的。它还可以减轻手工劳动强度等。
牛粪自然发酵可采用以下方法: 1.晾干水分后，让其自然堆积，堆积温度达到60以上时保持24小时，然后上下翻转，里里外外，继续发酵。这个过程进行三次，达到发酵的目的。但是，这样难闻的气味不仅污染环境，还会造成营养物质的大量流失。 2.用微生物发酵法处理牛粪，不仅可以加快发酵进程，缩短发酵时间，防止浪费，提高牛粪的营养价值；而且牛粪可以在发酵温度下干燥，节省能耗，成本低，操作简单，易于推广，因此受到用户的欢迎。