发酵猪粪是生活中常见的农业废弃物，很多农民朋友都使用猪粪做有机肥。但是经过发酵的猪粪施给作物的话，因为发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵：当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。而且生猪粪中的细菌比较多，很容易造成作物的病虫害。
自然发酵法很简单，将猪粪混合加入秸秆堆放在一起，浇上水。然后覆盖上塑料薄膜进行自然发酵，这是利用高温，将猪粪中的病菌杀灭。也可以在猪粪中加上多菌灵、福美双等杀菌剂，杀灭病菌。在发酵时，将薄膜和猪粪间保留一点缝隙，使微生物能大量繁殖，促进发酵。 猪粪自然发酵成有机肥的时间较长，一般需要两三个月的时间，等到没有臭味，变成褐色肥料之后，才算发酵完成。如果使用没有完全腐熟的猪粪，可能会出现烧根等肥害，增加病虫害的发生。
猪粪和秸秆混合之后，将混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后浇水，猪粪较干时，可以增加水的用量，猪粪含水量大时，就可以少用水，最后堆闷沤制成有机肥，堆沤的面积和长度不受限制。经过发酵两三天之后，再进行翻一遍。 猪粪发酵时，加上有机肥发酵剂，能节省发酵时间，大概7~10天的时间就能发酵好，适合大量的猪粪处理，发酵速度快，而且还能防止猪粪腐熟不彻底。