首先，打开化粪池的盖板。用长棍或竹竿将里面的杂物结块层搅起，将吸粪车的吸粪软管放入化粪池内，启动吸粪车的开关将池内的粪结块物吸上来，盖上化粪池的井盖。用清水冲洗工作场所和工具。清洗后池内无泥沙漂浮，出入口畅通，防止污水溢出地面。这是清理化粪池的程序。
化粪池井盖打开10-15分钟后，人要远离水池，更不要在水池边点火或吸烟。因为会有甲烷从池子里出来，这样可以防止火灾的发生。为了防止中毒，人们不应该去游泳池工作。水池盖打开后，工作人员不得离开现场。清洗后，立即盖上盖子，防止行人掉入。
化粪池不清理对环境的污染，地面外力导致罐体振动、开裂。造成粪便水向地下渗漏，污染地下水源，化粪池长期不清理导致出水严重超标等。给周边的河湖带来了严重的破坏，化粪池长期不清洗造成了很大的危害。
化粪池底部因粪堆而硬化时，留给粪堆发酵的空间和时间不足，直接影响无害化处理的效果。当粪渣变硬到一定高度，相当于没有经过任何处理就直接从化粪池中排出。因此，化粪池作为避免管道堵塞的粪便拦截设施，拦截并沉淀污水中的大颗粒杂质。对防止污水管道堵塞，减少管道埋深，保护环境起到积极作用。