潜孔钻机的工作原理和普通冲击回转式风动凿岩机一样。风动凿岩机将冲击回转机构做在一起，冲击能通过钻杆传递给钻头；而潜孔钻机将冲击机构（冲击器）独立出来，潜入孔底，无论钻孔多深，钻头都是直接安装在冲击器上，不用通过钻杆传递冲击能，因而减少了冲击能的损失。
潜孔钻机的分类 潜孔钻机的结构有整体式和分体式两类。按排气方式分为旁侧排气和中心排气二种，按镶嵌在潜孔钻机工作面上的硬质合金形状分，有刃片型潜孔钻机、柱齿潜孔钻机和片往混合型潜孔钻机。 整体式潜孔钻机是头尾做成一体的单体潜孔钻机，它易于加工，使用方便，可以减少能最传递时的损失。缺点是当潜孔钻机工作面损坏后，造成整体报废。分体式潜孔钻机的头部和潜孔钻机尾部(钎尾)分开，用特殊螺纹将两者联接起来。当潜孔钻机头部损坏后，钎尾仍可留用，节省了钢材。但结构较复杂，能量传递效串有所降低。
通用的潜孔钻机主要分为四大部分钻具，还有回转供风机构，还有供风回转器、提升调压机构。它们每个部分所负责的功能也不一样，比如钻具它是由钻杆、球齿钻头和冲击器组成的，在钻孔时也主要是利用钻具把两根钻杆接杆钻进不锈钢板内。而还值得一提的是提升调压机构，它主要是由提升电动机借助提升减速器提升链条，而使回转机构及钻具实现升降动作的一个机构。这个结构看似简单，但实则非常重要，在封闭链条系统中，它还装有调压缸及动滑轮组这样能够保证在正常工作时，能够由调压缸的活塞杆推动滑轮组，使钻具实现减压钻孔。