潜孔钻机的工作原理和普通冲击回转式风动凿岩机一样。风动凿岩机将冲击回转机构做在一起，冲击能通过钻杆传递给钻头；而潜孔钻机将冲击机构（冲击器）独立出来，潜入孔底，无论钻孔多深，钻头都是直接安装在冲击器上，不用通过钻杆传递冲击能，因而减少了冲击能的损失。
为了正确使用潜孔钻头，保证钻头的凿岩速度和使用期限，须注意以下几点： 1、根据岩石情况（硬度、磨蚀性）和钻机类型（高风压、低风压）来选择潜孔钻头。不同形式的合金齿和布齿方式适用于不同岩石的钻凿。选择正确的潜孔钻头，是获得最佳使用效果的前提； 2、在安装潜孔钻头时，要将钻头平缓置入潜孔冲击器卡钎套内，切勿用力碰撞，以免损伤钻头尾柄或卡钎套； 3、在凿岩过程中，要保证潜孔钻机的压气压力充足。若出现冲击器断续工作，或炮孔排粉不畅，应检查潜孔钻机压缩空气系统，以保证钻孔过程中孔内无岩渣； 4、若发现金属物掉入孔中，应及时用磁铁吸出或用其他方法取出，以免损伤钻头； 5、更换钻头时要注意已钻凿好的炮孔尺寸。若钻头直径过度磨损，但炮孔尚未钻好时，不可更新钻头，以免卡钻。可使用已用过的且磨损直径大体相同的旧钻头完成作业。
通用的潜孔钻机主要分为四大部分钻具，还有回转供风机构，还有供风回转器、提升调压机构。它们每个部分所负责的功能也不一样，比如钻具它是由钻杆、球齿钻头和冲击器组成的，在钻孔时也主要是利用钻具把两根钻杆接杆钻进不锈钢板内。而还值得一提的是提升调压机构，它主要是由提升电动机借助提升减速器提升链条，而使回转机构及钻具实现升降动作的一个机构。这个结构看似简单，但实则非常重要，在封闭链条系统中，它还装有调压缸及动滑轮组这样能够保证在正常工作时，能够由调压缸的活塞杆推动滑轮组，使钻具实现减压钻孔。