在设计前，应了解流程类型，并采用合适的入口风速。在PCR实验室净化，如果风速太低，有害气体可能无法完全消除；风速过高会增加能耗，影响柜内工艺操作，如电炉正常加热，溶剂蒸发加速。通风柜应根据不同种类的测试分成不同的系统。一般每个PCR实验室净化系统至多只能有四个通风柜，注意不要把强酸、强氧化剂和易燃易爆系统混在一个PCR实验室净化系统中。尽量使用补风通风柜，可以减少70%左右的排烟热损失。
实验室净化技术夹层分为顶层技术夹层和房间技术夹层。顶部技术夹层的供回风管截面较大，一般布置在夹层顶部，下方布置电气管线。当地板承载能力比较强的时候，可以在上面布置过滤器和排风设备。技术夹层相对于房间的顶层，可以减少夹层的布线和高度，风扇和动力设备的配电可以设置在较低的过道。洁净室的上通道也可以作为上层的下通道。技术通道的设计布局一般是垂直和笔直的，也可以放置一些不适合洁净室的辅助设备。甚至可以作为一般的回风风道或静压箱，有的还可以配光管散热器。因为这些技术壁垒(墙)大多采用轻质隔墙，所以在技术调整的时候可以很容易的调整。
实验室净化工程不仅起到保护实验样品安全的作用，也是保证实验成功和实验人员安全的重要措施之一。实验室净化工程是将实验室的某一区域开辟出来，专门用于建造空气洁净，对实验环境要求相对较高的实验室或无菌室。实验室净化工程系统其实和传统的洁净室系统差不多，只是洁净室的压力、微生物控制、温湿度控制比工业洁净室更严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹层彩钢板、钢化玻璃、防火板等。洁净实验室必须按照洁净室施工及验收标准，采用密封性好、不产生粉尘的材料进行隔断和吊顶装修。洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。