在设计前，应了解流程类型，并采用合适的入口风速。在PCR实验室净化，如果风速太低，有害气体可能无法完全消除；风速过高会增加能耗，影响柜内工艺操作，如电炉正常加热，溶剂蒸发加速。通风柜应根据不同种类的测试分成不同的系统。一般每个PCR实验室净化系统至多只能有四个通风柜，注意不要把强酸、强氧化剂和易燃易爆系统混在一个PCR实验室净化系统中。尽量使用补风通风柜，可以减少70%左右的排烟热损失。
实验室净化工程的外廊周围的外廊可以有窗，也可以无窗，可以用来参观和放置一些设备，有的外廊还配有值班暖气。外窗必须是双层密封窗。内走廊型:洁净室位于外围，走廊位于内部。这个走廊的洁净度水平普遍较高，甚至与洁净室处于同一级别。两端:洁净区位于一侧，另一侧设有准洁净及辅助用房。核心型:为了节省土地，缩短管线，可以洁净区为核心，周围是各种辅助用房和隐蔽管线空间。这种方式避免了室外气候对洁净区的影响，降低了冷热能耗，有利于节能。
实验室净化工程不仅起到保护实验样品安全的作用，也是保证实验成功和实验人员安全的重要措施之一。实验室净化工程是将实验室的某一区域开辟出来，专门用于建造空气洁净，对实验环境要求相对较高的实验室或无菌室。实验室净化工程系统其实和传统的洁净室系统差不多，只是洁净室的压力、微生物控制、温湿度控制比工业洁净室更严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹层彩钢板、钢化玻璃、防火板等。洁净实验室必须按照洁净室施工及验收标准，采用密封性好、不产生粉尘的材料进行隔断和吊顶装修。洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。