在制药洁净无尘车间的设计和建设中，应根据工艺流程和生产要求对整个车间进行分区。分区要合理紧凑，避免人流物流混流。无论是新建净化厂还是老净化厂，其平面布置应符合以下要求。按照工艺流程向前安排，减少迂回、往返的生产过程。因为是按照工艺流程划分的，所以布局紧凑流畅。
制药净化车间人员和物料的出入口必须分开设置，原料和成品的出入口要分开，防止原料、中间体和半成品之间的交叉污染。布局应避免无关人员或物流经过生产区。生产区(包括检验和包装)与原料和成品储存区的距离应尽可能缩短，避免药品往返运输造成的污染；对于容易造成污染的物料和废弃物，必要时可设置专用出入口。人和物料进入洁净车间时，应有各自的净化室和设施，净化室的设置要求应与生产区域的洁净度等级相适应。
制药净化车间的房间或区域应布置在人至少能到达的地方，并应靠近空调房。不同洁净度级别的房间或区域，应根据空气洁净度的级别，由内向外布置；不同洁净度的房间相互连接时，应采取防止交叉污染的措施，如气闸室、风淋室、缓冲室或传递窗等。应尽可能减少洁净区的面积。只有必要的工艺设备和设施应放置在洁净室中，室内工作人员的数量应保持在最低限度。
医疗洁净区对温度和湿度的要求相对宽松。生产过程对温度、湿度无特殊要求时，宜穿干净的工作服，无不适感。从生产工艺来看，对湿度要求不高的工序只有压片、灌装、装袋，对湿度的下限有要求。而其他过程可以设置湿度的上限值。所以如果在设计中考虑最不利工况的房间，增加的投资相差太大。在门窗关闭的情况下，避免洁净室外的污染物从缝隙进入洁净室；门窗打开时，保证有足够的气流向外流动，防止洁净的室外空气随人进入净化室。