洁净室空调净化系统的能耗远大于一般的舒适性空调。随着净化水平的提高，洁净室的空调能耗也急剧增加。洁净室空调系统主要能耗: (1)为了维持洁净室所需的温度和相对湿度，有必要对m线进行必要的热湿处理(冷却、除湿、加热、加湿...)到洁净室，所以需要向空调净化系统和蒸汽供应制冷和制热，消耗大量能源。 (2)为了保证洁净室的洁净度、温度、湿度等参数，必须将大量的空气送入洁净室，送风的风机、供水的水泵等动力设备也消耗了相当大的能量。 (3)上述供冷、供热、供汽所消耗的能源和送风、供水设备所消耗的电力。 (4)洁净室冷负荷的主要负荷是新风冷负荷，它消除了工艺设备和工艺产生的冷负荷，抵消了风机和水泵产生的冷负荷，而围护结构、照明和操作人员三者的冷负荷相对较小，有数据显示其负荷不到高级别洁净车间总冷负荷的10%。
洁净室的节能 为了降低洁净室的能耗，应从洁净室的规划设计阶段就考虑节能。降低洁净室能耗的主要途径是合理确定洁净室的面积和适当选择洁净度等级。选择先进的低能耗公共电力系统和设备；合理确定洁净室的围护结构等。可以采取的节能措施包括: (1)场地和总平面布置，尽量选择空气污染少、产尘少的场地建厂，洁净室布置在污染少的地方，注意朝向布置。 (2)在工艺布局上，尽可能减少洁净室面积或减少洁净度要求严格的洁净室面积|不能设置在洁净室的工艺和设备应设置在非洁净室<适当确定各类房间的洁净度等级，不随意提出洁净度要求，组织好人流、物流并布置好辅助用房，配合相关专业选择洁净室的形式和空间布局。 (3)合理确定洁净室的建筑形式，减少冷量损失。 (4)优化净化空调系统的空气处理流程。 (5)尽量减少制冷(制热)负荷，
洁净室的空气处理方式应通过热负荷、湿负荷、风量平衡的计算和经济技术的比较得出，切忌生搬硬套。一般来说，洁净室的循环风量远大于新风量，可以实现二次回风，避免冷热抵消，达到节能的目的。因此，应采用二次回风。二次回风的过程可分为两种方式:新风承担全部冷、热、湿负荷，新风和循环风分别承担冷、热、湿负荷。冷、热、湿总负荷相同，应根据工程具体情况合理采用。对于室内显热负荷大(热湿比大)、空气流通量大的洁净室，由于送风温度与室内温度的温差较小，采用新风空调加FFU(风机过滤机组)和干表面冷却分担冷热负荷是节能的。