为了防止室外污染源进入洁净区，使室内压力高于洁净区外的压力，洁净区内的压力成为正压洁净区；相反，为了防止洁净区内的污染源向实验室外部扩散，使内部压力低于外部压力，这种实验室就成为负压洁净区。所以洁净室的正负压力是相对的，主要取决于各个实验室的相对压力。PCR实验室净化有严格的压力梯度，所以有严格的气流方向。相邻实验区之间的压力差为5Pa，实验区与缓冲区之间的压力差为5Pa。
洁净实验室一般包括洁净区、准洁净区和辅助区。洁净实验室的布局可以有以下几种方式:外廊的环绕风格:外廊可以有窗，也可以无窗，可用于参观和放置一些设备，部分外廊配有值班暖气。外窗必须是双层密封窗。内走廊:洁净实验室位于外围，走廊位于内部。这个走廊的洁净度水平普遍较高，甚至与洁净实验室处于同一水平。两端:洁净区位于一侧，另一侧设有准洁净及辅助用房。核心型:为了节省土地，缩短管线，可以洁净区为核心，周围是各种辅助用房和隐蔽管线空间。这种方式避免了室外气候对洁净区的影响，降低了冷热能耗，有利于节能。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。