实验室净化主要检测区域的压力梯度和气流方向为:试剂制备区、标本制备室、扩增区、产物分析区和测序室。压力梯度不能混乱，气流方向不能停滞或向后。同时，每个区域的缓冲室侧与主测试区域之间的压力差为+5Pa，以防止污染空气从测试区域流向非污染区域。另外，PCR实验室要充分通风，但同时也要考虑夏季和冬季的室内温度过程要求和舒适度要求。
洁净实验室是指对室内空气环境参数如细菌浓度、尘埃数、温度、湿度和压力、洁净度、温度、湿度和气流速度等的控制。通过人工控制和使用清洁技术。空气洁净度是指洁净空气环境中空气的含尘量，空气洁净度的高低用粉尘浓度来划分。洁净度是指每升空气中含有的粒径≥0.5um的尘埃粒子的总颗粒数。中国的空气洁净度标准分为:100、1000、10000、100000。国际标准分为:一级、二级、三级、四级、五级。一般洁净室分为两级隔离，一级隔离通过生物安全柜、负压隔离器、正压防护服、手套、眼罩等实现。二级隔离通过实验楼、空调净化和电气控制系统实现。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。