实验室净化主要检测区域的压力梯度和气流方向为:试剂制备区、标本制备室、扩增区、产物分析区和测序室。压力梯度不能混乱，气流方向不能停滞或向后。同时，每个区域的缓冲室侧与主测试区域之间的压力差为+5Pa，以防止污染空气从测试区域流向非污染区域。另外，PCR实验室要充分通风，但同时也要考虑夏季和冬季的室内温度过程要求和舒适度要求。
洁净实验室一般包括洁净区、准洁净区和辅助区。洁净实验室的布局可以有以下几种方式:外廊的环绕风格:外廊可以有窗，也可以无窗，可用于参观和放置一些设备，部分外廊配有值班暖气。外窗必须是双层密封窗。内走廊:洁净实验室位于外围，走廊位于内部。这个走廊的洁净度水平普遍较高，甚至与洁净实验室处于同一水平。两端:洁净区位于一侧，另一侧设有准洁净及辅助用房。核心型:为了节省土地，缩短管线，可以洁净区为核心，周围是各种辅助用房和隐蔽管线空间。这种方式避免了室外气候对洁净区的影响，降低了冷热能耗，有利于节能。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。