净化实验室应设在粉尘低、自然环境好的地方；远离铁路、码头、机场和交通要道；也不适合在排放大量粉尘和有害气体的工厂、仓库周围。应尽可能避开空气污染、振动或噪音干扰严重的区域。装修净化实验室时，风管的选择很重要，要注意其密封性。安装好的风管需要进行漏光和气密性测试，风管的各项性能需要测试。选择耐腐蚀抗老化的材料，否则风道后期使用会出现问题，影响正常使用。净化实验室的位置应布置在环境清洁、人流不交叉或少交叉的区域；洁净车间周围应进行绿化。可以铺草坪，可以种对大气中粉尘浓度没有不良影响的树，可以形成绿色社区。
为了防止室外污染源进入洁净区，使室内压力高于洁净区外的压力，洁净区内的压力成为正压洁净区；相反，为了防止洁净区内的污染源向实验室外部扩散，使内部压力低于外部压力，这种实验室就成为负压洁净区。所以洁净室的正负压力是相对的，主要取决于各个实验室的相对压力。PCR实验室净化有严格的压力梯度，所以有严格的气流方向。相邻实验区之间的压力差为5Pa，实验区与缓冲区之间的压力差为5Pa。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。