洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。其送风系统与各行业洁净室工程的区别在于，并不是所有的实验室都可以配备回风系统，这取决于用户的实验室和实验产品的使用情况。类似生物安全实验室，不可能做回风系统，还是要建设成全排洁净室。实验室净化除了以上内容，一定要记住净化工程的年级设计也很重要。一般情况下，一般无菌室实验室的洁净度等级是10000，而一般实验室的布局设计是100000 ~ 10000。
为了防止室外污染源进入洁净区，使室内压力高于洁净区外的压力，洁净区内的压力成为正压洁净区；相反，为了防止洁净区内的污染源向实验室外部扩散，使内部压力低于外部压力，这种实验室就成为负压洁净区。所以洁净室的正负压力是相对的，主要取决于各个实验室的相对压力。PCR实验室净化有严格的压力梯度，所以有严格的气流方向。相邻实验区之间的压力差为5Pa，实验区与缓冲区之间的压力差为5Pa。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。