洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。其送风系统与各行业洁净室工程的区别在于，并不是所有的实验室都可以配备回风系统，这取决于用户的实验室和实验产品的使用情况。类似生物安全实验室，不可能做回风系统，还是要建设成全排洁净室。实验室净化除了以上内容，一定要记住净化工程的年级设计也很重要。一般情况下，一般无菌室实验室的洁净度等级是10000，而一般实验室的布局设计是100000 ~ 10000。
实验室净化主要检测区域的压力梯度和气流方向为:试剂制备区、标本制备室、扩增区、产物分析区和测序室。压力梯度不能混乱，气流方向不能停滞或向后。同时，每个区域的缓冲室侧与主测试区域之间的压力差为+5Pa，以防止污染空气从测试区域流向非污染区域。另外，PCR实验室要充分通风，但同时也要考虑夏季和冬季的室内温度过程要求和舒适度要求。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。