大豆种子储存时一定要在阳光下充分干燥，含水量控制在12%以下。如果含水量高于13.5%，脂肪酸含量会迅速增加，豆子会在短时间内变软，导致发热变质，不能再作为种子使用。所以应该说大豆种子的含水量在储藏前降低到10%左右，是比较安全可靠的。因为大豆的种皮薄，容易破。所以种子收获后，要带荚晒太阳。
在豆荚的保护下，种子可以逐渐变干，直到完全成熟。但脱粒后的大豆种子应避免阳光暴晒，防止种子被晒伤，影响发芽率，造成种皮起皱破裂。大豆脱粒后，要借助风把田养起来，筛去杂质和泥土。如果杂质太多，接收大豆时，不容易将干净的灰尘等杂质去除，混入种子中间。混合的杂质和受损的谷粒在大豆储存过程中很容易吸收空气中的大量水分，这为病菌等害虫的侵蚀创造了便利条件，导致大豆种子呼吸非常困难，生活力降低，导致发霉。
因此，储存大豆种子时，如果种子量大，选择比重分离机进行分选是合适的；但如果数量不大，可以进行人工选粒，剔除杂粒、霉变粒、烂粒、破损粒，保证种子质量。种子入库前，应对库房和用具进行严格的清洗和消毒。清仓的具体工作分为两部分:打扫仓库和保持仓库内外的清洁。除了清除仓内不同品种的种子、杂质、垃圾外，还应做好粮仓器皿的清洁工作。可以用开水烫一下病菌，也可以把粮仓器皿暴露在阳光下消毒。