大豆是典型的自花授粉作物，自然杂交率较低，一般为0。5%〜1%。所以大豆品种容易保持纯。大豆性器官形成后，开花前完成授粉。授粉是雄蕊花药开裂，花粉散布并落在雌蕊柱头上的过程。授粉后，落在柱头上的花粉迅速萌发，花粉管从萌发孔长出，穿过柱头，穿过花柱，到达子房，再从珠孔经珠心进入胚囊，花粉管端壁破裂，释放精子进入胚囊。
两个精细胞分别与卵细胞和中央细胞结合，完成双受精。一个精子与卵子结合形成初生胚乳核。在胚乳形成过程中，胚乳逐渐被发育中的胚吸收，营养物质储存在子叶中，形成无胚乳种子。大豆种子在胚和胚乳发育的同时，珠被也生长并形成种皮。大豆种子种皮上的种脐是珍珠梗断节留下的痕迹。
子房逐渐膨大形成幼荚，子房中的胚珠逐渐发育成种子。种子生长的过程:开花前20天是胚胎发育、种子膨大、结构形成的时期。在此期间，可溶性物质迅速增加，豆荚先长大，后变宽，再变厚。当大豆种子的体积达到较大时，它将再次被填充。籽粒重量在灌浆期间迅速增加。粗脂肪、粗蛋白和糖含量随着种子干重的增加而增加，而含水量随着种子干重的增加而减少。