水稻种植过程中，较常见的种植方式是播种育苗，但在育苗过程中，多种种植者反映发芽率低。水稻种子发芽率低是一个很麻烦的问题。那么，水稻种子发芽率低的原因是什么呢？
在高温高湿气候下，水稻种子成熟度越高，发芽率越高，完整种子成熟需要25天。水稻种子发芽的低温为10-15℃，适宜温度为30-35℃，由于同一植株上的种子在植株上开花部位不同，完全成熟的种子浅，容易 发芽。未成熟的种子睡不好，经常发芽晚。收获过早或过晚的水稻种子休眠期都不明显。种子在收获前没有完全成熟，如果没有完全干燥，仍然需要呼吸作用。消耗养分，降低发芽率。
种子收获过晚，在田间高温高湿的条件下，容易造成种子发芽、发芽，导致发芽率下降。另一方面，当种子含水量高时，种子老化加速，水稻种子发芽率降低。由于种子干燥不及时，种子单位的数量非常大。由于场地的限制，缺乏必要的干燥设备，种子收获后不能及时储藏，种子含水量通常较高，导致种子闷在粮堆里冒热气，谷壳发黑发霉。另外，水泥打谷场在高温下不会及时翻动，会严重影响种子的发芽率。
机械损伤有些品种的水稻种子很薄或者饱满后会有裂籽。在收割和选择性加工的过程中，这些品种可以很容易地脱壳成为糙米。由于去除了保护层，这些糙米通常很难发芽，即使能发芽也很难成苗，在稻田里也容易腐烂。此外，如果病虫害严重，防治措施不及时，功能叶或运输通道受损，相应功能减少或丧失，这将导致种胚缺乏发育功能，即使能萌发，也很脆弱，难以成苗。