玉米种子发芽率低会对玉米的出苗和生长产生影响，对玉米的产量有很大的影响。玉米种子发芽率低的原因:
1、种子生产成熟度差:根据种子专业理论，种子的发芽率与种子生产正相关，种子成熟好、成熟大，发芽率和发芽势会更高。在我国高海拔玉米制种中，玉米生长灌浆中后期温度开始下降，不能满足种子正常成熟所需的充足光照和有效积温，导致种子成熟度受到影响，相当一部分雌穗不能很好地成熟脱水，导致田间使用的种子发芽率不足。
2、农作物病虫害的影响:在玉米制种的亲本组合中，由于个别自交系抗病虫害能力差，易受混合玉米穗腐病、大叶斑病和玉米螟的危害，收获时种子外观与正常种子无异，但存放一段时间后由于穗腐病和粒腐病的侵染，发芽率明显降低。
3、玉米种子含水量的影响:种子含水量是影响发芽率的关键因素。玉米收获时，含水量一般在20%-30%之间。如果不及时晾晒或晾晒方法不当，容易造成“盖种”或“冻种”。一般收获后10 ~ 15天即可摊晒。干燥期间，勤翻几次，雨天盖好，种子胚硬时(含水量达到13%)放在通风干燥处。玉米种子霉变的主要原因是收获后高水分条件下热量的积累。规律是水分越高，堆体温度上升越快，发芽率下降越快。近年来，我们采用立秆剥皮技术，促进水分蒸发和风化。促进后熟，降低含水量，对提高种子发芽率有很好的作用。
4、外界温度的影响:玉米种子只有在10 ~ 12℃以上才能萌发，灌浆成熟阶段所需温度不高于25℃，不低于16℃。种子冻害的主要原因是低温，其规律是含水量越高，低温持续时间越长，发芽率下降越快。