冷冻集装箱在装货过程中，在检查冷冻装置，确认冷冻机已停止运转；，货物预冷：在装货前，要对冷冻集装箱内使用的垫木和其他衬垫材料要预冷，并要对货物应进行预冷处理，并预冷到运输要求的温度，因冷箱设计制冷能力有限，仅能用于保持货物的温度，关于冷藏集装箱预冷：一般情况冷藏集装箱不应预冷，因为预冷过的冷藏集装箱一打开门，外界热空气进入冷藏集装箱遇冷将产生水汽凝结，水滴会损坏货物外包装和标签，在蒸发器表面凝结的水滴影响制冷量。
涂料防水，集装箱内部喷涂聚氨酯泡沫，加装玻璃岩棉板以用来防潮防腐隔热隔音，南方室内加装空调、北方则加装地暖等；强烈建议外层覆装饰材料，比如欧松板、石膏板、水泥纤维板、高分子装配板等，铺设刚性防水层，应在首道柔性防水层完成后的两天左右进行施工，主要以高等级脂肪酸类砂浆防水剂、水泥、砂子、细石骨料、纤维为基本材料，防水层厚度应以集装箱厂家要求为主，集装箱内部为满足墙面和天花板的防火、隔热等要求，建议室内采用厚度达标的玻璃岩棉夹心板进行装饰。
对任何冷藏货物均不允许出现长时间地停止制冷，对特种货物和温度敏感货物应保持制冷系统连续工作，避免任何温度波动造成货物质量下降，集装箱在海运中如何固定，是旋锁，这种是放在箱子下面的四个角键上的，当然自动锁是在船下的时候，由工人上到箱子下面，等吊上船的时候自动锁上，安装在活动房屋内的接闪器，可根据实际情况采用避雷针、避雷带或防雷网等接闪器，所选接闪器应具有特定的耐电流和耐压性、连续接闪器效果，以及接闪器与建筑物之间的美观统一性。