加重疾病、昆虫和杂草。 未分解的有机肥中有大量的病菌、害虫、虫卵和草籽。如不腐熟使用，会增加菜田病、虫、草基数，加重病、虫、草危害，推高防治难度。未压缩的有机肥是蛴螬、地老虎等的食物来源和合适的滋生地。菜地施用未腐败的有机肥会引来大量这类害虫，根苗、死苗、缺草、断垄的数量会增加40-70%。
用绵阳有机肥作追肥，建议是分解水、人畜粪便、沼液，其他有机肥次之。施用有机肥后，微生物需要经过一定的时间扭曲，转化为小分子物质，才能被植物根系吸收利用。所以，有机肥不应该施在接近成熟的蔬菜上(如果施了，蔬菜不一定能吸收利用)。
有机肥的简易分解方法。 猪牛粪等有机肥不宜堆在室外自然发酵，这样发酵缓慢不彻底，养分损失大。有机肥要密闭堆放发酵，保障分解的速度和质量。发酵腐熟有机肥时，根据发酵有机肥的需要量，在田间或距离居民区500米以上的地方挖一个大小和深度合适的土坑，坑底和四周铺上厚厚的塑料薄膜，浇上猪牛粪等有机肥并掺入1% ~ 2%生石灰粉或1%尿素，将坑口填平或略高于坑口， 用厚厚的塑料薄膜覆盖堆肥并在周围压实薄膜，猪粪牛粪等在夏季和秋季高温下处理30天。
