加重疾病、昆虫和杂草。 未分解的有机肥中有大量的病菌、害虫、虫卵和草籽。如不腐熟使用，会增加菜田病、虫、草基数，加重病、虫、草危害，推高防治难度。未压缩的有机肥是蛴螬、地老虎等的食物来源和合适的滋生地。菜地施用未腐败的有机肥会引来大量这类害虫，根苗、死苗、缺草、断垄的数量会增加40-70%。
有机肥的科学施用。 有机肥适合做基肥施用。菜地不要施未腐熟的有机肥。有机肥要深施于土壤，不要施于畦面，以免养分淋失。在翻耕菜地前，应先撒施所需的有机肥，然后翻耕1 ~ 2次，可有效保持和延长有机肥的肥力。在种植蔬菜前，将有机肥埋在种植沟或种植穴中，种植前用薄土覆盖，具有保肥和延长供肥期的良好效果。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
