加重疾病、昆虫和杂草。 未分解的有机肥中有大量的病菌、害虫、虫卵和草籽。如不腐熟使用，会增加菜田病、虫、草基数，加重病、虫、草危害，推高防治难度。未压缩的有机肥是蛴螬、地老虎等的食物来源和合适的滋生地。菜地施用未腐败的有机肥会引来大量这类害虫，根苗、死苗、缺草、断垄的数量会增加40-70%。
牛粪等农家肥可适当多施；饼和鸡鸭粪的施用量要控制。露地蔬菜有机肥施用量可略少，大棚蔬菜有机肥施用量应适当增加。成都蔬菜有机肥的用量，如营养土、猪牛粪等，备苗不应超过总量的三分之一。对于大多数蔬菜品种和中等肥力土地，每茬667平方米露地可施猪牛粪等有机肥2000 ~ 3000公斤，每茬蔬菜大棚可施有机肥4000 ~ 5000公斤。有条件时，植物有机肥的施用量应占总施肥量的50 ~ 60%。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
