菜园有机质的多少可以在一定程度上反映土壤肥力；有机质含量高的土壤肥力较高，反之则较低。通常每公斤菜园土有机质含量应不低于20 ~ 30克，高产菜园土每公斤有机质含量应大于50克。红(黄)粘土、水稻土、沙地、山坡等，土壤有机质往往不足或严重缺乏，种植蔬菜时需要多施有机肥。
牛粪等农家肥可适当多施；饼和鸡鸭粪的施用量要控制。露地蔬菜有机肥施用量可略少，大棚蔬菜有机肥施用量应适当增加。成都蔬菜有机肥的用量，如营养土、猪牛粪等，备苗不应超过总量的三分之一。对于大多数蔬菜品种和中等肥力土地，每茬667平方米露地可施猪牛粪等有机肥2000 ~ 3000公斤，每茬蔬菜大棚可施有机肥4000 ~ 5000公斤。有条件时，植物有机肥的施用量应占总施肥量的50 ~ 60%。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
