施用未分解的有机肥会污染土壤和周围环境，增加死苗、死株数量，加重病虫草害。乐山有机肥施用不足，导致蔬菜生长发育不良，早衰，产量低，品质差，效益差。为防止蔬菜有机肥施用不当，应采取综合措施，科学施用有机肥，确保蔬菜高产、优质、高效。
有机肥的合理施用方法。 土壤测试和施肥。 肉眼很难准确判断蔬菜中的有机质含量。有条件的地方要科学测土，根据测土结果确定有机肥的施用量。如果菜园土壤有机质含量低于4%，应适量施用有机肥作为基肥，连续施用几年。对于土壤有机质含量高于5%的菜地，每年作为基肥施用的有机肥量可适当减少。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
