这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
用绵阳有机肥作追肥，建议是分解水、人畜粪便、沼液，其他有机肥次之。施用有机肥后，微生物需要经过一定的时间扭曲，转化为小分子物质，才能被植物根系吸收利用。所以，有机肥不应该施在接近成熟的蔬菜上(如果施了，蔬菜不一定能吸收利用)。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
