有机肥施用不当的主要危害。 影响植物的生长和发育。 土壤中缺少有机肥或有机肥施用量不足，蔬菜植株生长缓慢、身材矮小、生长弱或不生长，形成老弱苗，开花少、结果少、花果多、产量低、品质差、后期过早衰退等。缺乏有机质的菜地，幼苗发根少，根弱而短，根尖发黄但不会腐烂。 有机肥施多了，严重的菜苗会因烧根而枯萎死亡，轻者长势过旺，根多，茎粗，叶大，株间遮荫过多，花多果少，果实成熟延迟，病虫害加重，植株倒伏。
应用量要合适。 西藏有机肥的施用量不是越多越好，要根据情况适当施用。有机质不足或缺乏的菜地、高产品种、果实采收的蔬菜和低温季节可适当施用有机肥。有机质含量高的菜地、产量低的品种、生长期短的蔬菜、气温高的季节、叶菜类蔬菜，有机肥的施用量可略减。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
